El cocodrilo cubano se encuentra en peligro de extinción, producido en su mayoría, por la caza ilegal, así como el intento de hibridación con cocodrilos americanos y por cambios climáticos.
El investigador cubano, Etiam Pérez, señaló en entrevista a Reuters que el cocodrilo cubano es una especie endémica que solo habita en la Ciénaga de Zapata y en un pantano de la Isla de La Juventud, teniendo el hábitat natural más pequeño, en relación con todas las especies vivas de cocodrilos del planeta.
El gobierno cubano tiene un programa de criaderos de la especie que mantiene bajo monitoreo científico. Anualmente, liberan cientos de cocodrilos en su hábitat natural. Sin embargo, los investigadores carecen de recursos imprescindibles para el manejo de la especie, como medios de transportación, insumos o combustible.
También se despliegan en la zona operativos de control, y acciones legales contra los cazadores furtivos de la especie, pero la amenaza sobre el cocodrilo cubano continúa.
Alrededor de 4,000 cocodrilos cubanos viven libres en la naturaleza, pero el área que ocupan en el humedal es pequeña y su deterioro podría acabar con la mayor parte de la población.
La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza incluyó al cocodrilo cubano en peligro crítico en 2008. Indicaron que la evaluación y las estimaciones de población deben actualizarse, pero confirma la preocupación sobre el hábitat limitado de la especie.
En 2018, el cocodrilo cubano ya era la especie de cocodrilo mas amenazada del mundo, según la Agencia Iberoamericana para la Difusión de la Ciencia y la Tecnología.
Estimaban que solo quedan 3,000 ejemplares y por estar en peligro crítico, fue incluido en el Apéndice de la Convención Internacional sobre Comercio de especies Amenazadas de Flora y Fauna Silvestre.
